หากไม่นับข้อยกเว้นอย่างอนิเมะแนวโชเน็น หรือแนวเลิฟคอมเมดี้บางเรื่องที่ทางสำนักพิมพ์ตั้งใจผลักดันเป็นพิเศษ การพิจารณาอนุมัติให้มีการสร้างภาคต่อ (Season 2) ถือเป็นเรื่องยาก โดยมีปัจจัยหลักมาจากปัญหาของตัวต้นฉบับและโครงสร้างธุรกิจ
เนื่องจากต้นทุนการผลิตอนิเมะสูงมาก การทำซีรีส์ความยาว 12 หรือ 24-25 ตอนในซีซันแรก ผู้ผลิตต้องมั่นใจว่าจะไม่ขาดทุนและสามารถดำเนินโครงการต่อไปได้ กลุ่มที่ได้รับอนุมัติให้ทำยาวส่วนใหญ่จึงเป็นมังงะรายสัปดาห์แนวโชเน็น ซึ่งเป็นข้อยกเว้นเนื่องจากมีสปอนเซอร์จำนวนมาก มีฐานแฟนคลับหนาแน่น หรือเป็นอนิเมะที่มีสินค้า เกม และเพลง มาช่วยผลักดันยอดขายจึงจะสามารถทำต่อได้
อย่างไรก็ตาม สำหรับอนิเมะทั่วไปที่ไม่เข้าข่ายดังกล่าว มักประสบปัญหา 4 ประการที่ทำให้ไม่นิยมทำภาคต่อ ดังนี้
1. ต้นฉบับหลายเรื่องมีความยาวมากเกินไป ทำให้การทำหลายภาคเสี่ยงขาดทุน
นโยบายของสำนักพิมพ์หลายแห่งมักต้องการให้นักเขียนดำเนินเรื่องให้นานที่สุด ส่งผลให้ต้นฉบับมีความยืดยาว ซึ่งไม่สอดคล้องกับโครงสร้างการผลิตอนิเมะแบบซีซัน หรือแม้แต่การดัดแปลงเป็นภาพยนตร์คนแสดงก็ทำได้ยาก
การจะตัดทอนเนื้อหาให้สั้นลงหรือเร่งจังหวะการเล่าเรื่อง มักสร้างความไม่พอใจให้กับฐานแฟนคลับเดิม หากซีซันแรกไม่ได้รับผลตอบรับที่ดีเกินความคาดหมาย ผู้ผลิตจึงไม่นิยมลงทุนทำภาคต่อ นอกจากนี้ แม้แต่มังงะที่ดัดแปลงมาจากนิยายหลายเรื่อง ก็มักเลือกที่จะตัดจบเนื้อหาไประหว่างทางเนื่องจากต้นฉบับเดิมยาวเกินไป แทนที่จะเขียนตามนิยายจนจบเรื่อง
2. เนื้อหาช่วงหลังภาคแรกมักขาดความแปลกใหม่และตัวละครไม่ดึงดูด
ผู้ชมส่วนใหญ่มักจะรู้สึกตื่นเต้นกับการปูพื้นฐานเรื่องราว (Setting) ในช่วงแรก แม้พล็อตเรื่องอาจจะดูเดิมๆ แต่เหตุการณ์ในแต่ละเรื่องจะมีเอกลักษณ์เฉพาะตัว อย่างไรก็ตาม เมื่อพ้นช่วงแรกไปแล้ว การดำเนินเรื่องมักเข้าสู่สูตรสำเร็จ หรือมีการทำภารกิจย่อย (Side Quest) เพื่อยืดเรื่องราวไปเรื่อยๆ กว่าจะกลับเข้าสู่เนื้อหาหลัก
ในด้านการผลิต ผู้กำกับและทีมเขียนบทที่มีฝีมือมักจะเลือกจุดจบที่ดีที่สุดไว้สำหรับ 12 หรือ 24-25 ตอนแรก ทำให้การสร้างภาคต่อขาดจุดดึงดูด เว้นแต่จะมีตัวละครใหม่หรือเหตุการณ์สำคัญเกิดขึ้น นอกจากนี้ ยังมีน้อยเรื่องที่สามารถสร้างคาแรคเตอร์ให้ฮิตติดตลาดจนผู้ชมติดตามซื้อสินค้าได้อย่างต่อเนื่อง หากไม่ใช่ตัวละครหลักที่ได้รับความนิยมสูงจริงๆ
3. สถิติชี้ชัดว่ากระแสความนิยมมักลดลงในภาคต่อ
เป็นธรรมชาติของสื่อบันเทิง ทั้งซีรีส์คนแสดงและละคร หากมีการทำหลายภาค ผู้ชมมักจะเริ่มเกิดความเบื่อหน่ายและยากที่จะสร้างฐานแฟนคลับกลุ่มใหม่ๆ เข้ามาเพิ่มเติม ดังนั้น เรื่องที่จะได้รับการอนุมัติให้ไปต่อ จึงมักเป็นเรื่องที่มีฐานแฟนคลับเดิมเหนียวแน่นในระดับที่น่าพอใจเท่านั้น
4. ทรัพยากรสตูดิโอมีจำกัด การเลือกทำเรื่องใหม่จึงคุ้มค่ากว่า
แม้ว่าบางเรื่องจะมีกระแสตอบรับในระดับพอใช้ได้ แต่ในมุมมองของสำนักพิมพ์ ยังมีต้นฉบับอีกหลายร้อยหลายพันเรื่องที่ไม่เคยถูกนำมาสร้างเป็นอนิเมะ โอกาสที่จะเสี่ยงลงทุนกับเรื่องใหม่ (New IP) จึงมักดูดีกว่าการพยายามดันเรื่องเดิมที่กระแสทรงตัว
นอกจากนี้ สตูดิโอที่มีคุณภาพงานในระดับดีก็มีจำนวนจำกัด โดยเรื่องยาวฟอร์มยักษ์มักจะจองคิวสตูดิโอฝีมือดีไปผลิตภาคต่อไว้หมดแล้ว ทำให้เหลือตัวเลือกไม่มากนักสำหรับเรื่องระดับกลางที่จะหาทีมผลิตที่มีคุณภาพเพื่อทำภาคต่อ
